福寺豆汁店、老磁器口豆汁店分别采集样本，通过DNA测序的方式鉴定了其中的微生物构成。结果发现，主要发酵微生物其实是乳酸乳球菌，此外还有乳酸杆菌、链球菌、醋酸杆菌等多种微生物都参与了豆汁的发酵过程。
尽管豆汁的发酵和酸奶有异曲同工之妙，但由于杂菌的存在，其风味远比超市的那些酸奶复杂。经过现代科学仪器的检测，豆汁中的风味物质至少有40种左右，其中主要是各种醇类物质，其次是有机酸、醛、醚类物质。
有些老北京特别喜欢喝豆汁，而且还喜欢去特定的豆汁店喝，这其中也有科学道理。不同门店的发酵工艺、发酵环境不同，导致其中的发酵微生物不同，发酵产生的风味物质也有差异。比如护国寺的豆汁醇类物质比较多，而老磁器口豆汁中的醛类物质比较丰富。