由于南下或西征，蒙古族民众被征调各地，因此，蒙古族分布散遍及各地。
1368年，元朝灭亡，残余力量退居蒙古草原。
元朝灭亡后，明朝在辽东西部、漠南南部、甘肃北部和哈密一带先后设置了蒙古卫所20多处，各卫所长官都是由蒙古封建领主担任。15世纪初，漠西蒙古瓦剌部和东部蒙古的鞑靼部先后向明朝称臣纳贡，建立了臣属关系。
蒙古分为东西两部：东部蒙古游牧于漠北和漠南，其首领为元室后裔，被视为蒙古的正统；游牧于漠西的瓦剌部(即原斡亦喇部)被称为西蒙古，与东蒙古有姻亲关系。
15世纪，蒙古南北被达延汗重新统一，分东部蒙古为喀尔喀、兀良哈、鄂尔多斯、土默特、察哈尔、喀剌沁（永谢布）六部。明末清初。蒙古处于分裂割据状态，以大漠为界，分为漠南蒙古、漠北（喀尔喀）蒙古、漠西（厄鲁特）蒙古三部分。漠南蒙古西部的俺答汗注意与明朝修好，发展贸易关系。俺达汗驻地库库和屯（今呼和浩特）修建城郭，商旅幅凑，成为漠南蒙古地区政治、经济、文化中心。
明末，女真建立后金政权。1636年后金改为清，漠南蒙古各部封建主，也先后被清朝征服。1644年明朝灭亡后，清军入关统一