犁后，原以为可以缴获一部分牲畜、粮食。不料准部屡经战祸，伊犁并无积存物资。因为军粮不继，平定了准部之后，清朝大军只能迅速撤离，只留下五百名士兵做清朝将军的护卫，准部由率先降清的阿睦尔撒纳与清朝将军共同管理。阿睦尔撒纳本不是一个安分之人，虽然平定伊犁之后，乾隆以其战功最多，封他为双亲王，食亲王双俸，他仍然不满足。他见清朝兵力已退，萌生了做准部新汗、独据准噶尔汗国原来版图的野心。平定准部之后，乾隆秉“分而治之”之策，准备把准部一分为四，使其互不统属，阿睦尔撒纳却要求成为四部的统一首领，凌驾众人之上。乾隆当然不同意他的请求，于是他于乾隆二十年（1755年）杀死清军将领，起兵叛乱，自立为汗。乾隆二十一年（1756年）二月，乾隆不得不又再次派兵，擒拿阿睦尔撒纳。
平叛战争进展得很不顺利。由于事发仓促，清军仍然没有携带充足粮草就出发了，一路上对喀尔喀蒙古大肆榨取。到了新疆之后，又大肆抢夺准部故地的牲畜粮食。准部本来就已经陷入饥荒之中，清军一来，雪上加霜，大批民众饿死，剩下的都纷纷起来反抗清军。而前线将领又很不得力，屡屡错失战机，使阿睦尔撒纳一再逃脱。乾隆皇帝一筹莫展。恰在此时，一直全力支