，依旧将那具被称为朱允炆的尸体以天子礼敛葬，以安天下。但他心中难安，于是派户科都给事中[24]胡濙，配上认识朱允炆面貌的内侍朱祥，以寻访传奇道士张三丰的名义，从陆路遍访各州、郡、乡、邑，打探朱允炆下落。自此，胡濙钦承上命，巡历四方，东南涉于海隅，西北旋转于沙漠，海内郡县，罔不周流。江西龙虎山天师教第四十三代天师张宇初也曾暗中受命寻访朱允炆。
永乐二年（1404年），又有谣传说朱允炆已经逃亡海外，朱棣开始筹划派亲信宦官郑和领兵浮海，远巡西洋，这就是历史上著名的“郑和下西洋”，但也未查到朱允炆下落。
由于担心出逃的朱允炆与建文旧臣里应外合，朱棣对不肯归附者采取了血腥的屠杀政策，对于那些不肯归附的建文旧臣进行了诛戮，名臣方孝孺、铁铉等人均被处死，且手段极为残酷暴虐，令人发指。
方孝孺死得尤其惨烈。朱棣率军离开北平时，其主要谋臣道衍曾经秘密请求道：“殿下至京，希望保全方孝孺。若杀此人，则天下读书种子绝矣。”实际上，方孝孺是天下名儒，道衍是担心杀掉他，将会引起士人的反感。朱棣满口答应。
占领南京后，朱棣特意请方孝孺上殿拟写登基诏书，方氏坚决不从，朱棣又派方