彻底激怒，命人用刀割开方孝孺的口，一直割到两耳。又命人诛杀方孝孺九族，又将其朋友门生列为一族，共称“十族”。受方孝孺牵连被杀的有八百七十三人，这些人被当着方孝孺的面一个个处死，最后才轮到方孝孺自己。据说是用两块石板夹住，然后用铁锯从头部锯下而死，死后还被碎尸于南京聚宝门外。
方孝孺被害前，曾咏《绝命词》一首：“天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求？呜呼哀哉兮庶不我尤！”时年四十六岁。
方孝孺也是中国历史上唯一一个被诛灭十族的人。其后，朱棣还余怒未消，派人挖了方家的祖坟，并下旨：“藏方孝孺文者皆死。”但方孝孺门客仍冒着生命危险收藏了方孝孺的遗稿，后来编成《逊志斋集》及《方正学先生集》等[25]。
兵部尚书铁铉亦死得相当壮烈。铁铉曾经在济南城下用诈降之计，差点儿杀死朱棣。朱棣亲自审问，铁铉宁死不肯面对朱棣，背向而坐。朱棣让他回头看一眼，终不可得。朱棣盛怒下命人割去铁铉的耳朵鼻子，铁铉仍然谩骂不止。朱棣遂命人将其凌迟碎剐，将其尸投入油锅，炸成焦炭。
御史大夫景清曾谋划假降刺杀朱棣，结果失败。景清被剥皮填草，挂在