源义经父亲般的关怀，对于源赖朝要求逮捕源义经的要求，也坚决拒绝，不惜为此开战。
然天意弄人，几月后，藤原秀衡即因病逝世。尽管其人留下遗命，要求众子拼死保护源义经，但长子藤原泰衡抵不住镰仓幕府的强大压力，派兵攻打源义经所居高馆。源氏家臣奋勇应战，宁死不屈，留下许多悲壮惨烈的故事。源义经见事不可回，遂亲手杀死妻子乡御前和四岁女儿龟鹤御前，之后引刀自裁，时年三十一岁。
源义经爱妾静御前早先被源赖朝派兵捕获，彼时已怀有身孕，后产下一子，在源赖朝“男杀女活”的指示下，出生后不久即被溺死在海滨。
藤原泰衡因违抗父亲遗命，而与弟弟藤原忠衡不和。藤原泰衡竟杀死亲弟，但他自己也没有好下场，被老奸巨猾的源赖朝果断铲除。数代雄霸一方的藤原氏家破人亡，就此灰飞烟灭。源赖朝由此独霸天下，威风凛凛，成为日本有史以来权力最大的武士。
只不过天皇并不甘心成为傀儡，镰仓幕府末期，后醍醐天皇两次密谋倒幕，以恢复皇室权威，只是两次均遭惨败，连天皇本人也遭逮捕流放。
其后，日本倒幕运动此起彼伏。当时中国已是元朝统治。幕府派大将足利高氏前去平乱。足利高氏早已不满镰仓政权，途中倒