军将帅有不少扰民的措施，之后一直没有废除，还演变成将帅谋取私利的特权。按照成法，这些措施都应该在大赦书中被废除，石亨为了保全自己的特权，特地找商辂商议，让商辂不要将这些措施列入赦文。商辂很清楚石亨的私心，回答说：“旧制不敢易。”如此一来，石亨很不高兴，所以将商辂也列入了清算的名单，关进了监狱。
当年阮浪、王瑶金刀案时，商辂曾劝景帝道：“卢忠病风，无足信，不宜听妄言，伤大伦。”明景帝朱祁钰这才没有继续追究。明景帝病重时，群臣预备复立太子，推举商辂执笔写《复储疏》。商辂写道：“陛下是宣宗章皇帝之子，当立章皇帝子孙。”“陛下”是指景帝朱祁钰，“章皇帝子孙”则是指沂王朱见深。闻者无不感动。这就是在夺门之变发生前写成的那封奏疏，因为当时已经日落西山，所以没有送入大内，而在当天晚上就发生了夺门之变。
商辂下狱后，上书自诉，说自己主张立沂王朱见深为太子，并没有谋立襄王世子，有他所拟的《复储疏》为证。《复储疏》当时收在礼部，一验便知分晓。
明英宗朱祁镇本来器重商辂，便命人取来《复储疏》，结果读后勃然大怒，说商辂舞文弄墨，不直接提沂王，而称“当立章皇帝子孙”，是为取巧。