如何诽谤皇帝。于是，石亨改指斥徐有贞在草拟诰词中，自诩“缵禹神功”，无人臣礼，罪当死。
本来徐有贞这次必死无疑，不料这个时候天气骤变，树木都被连根拔起，承天门也被闪电劈中，只剩下了一半。钦天监上书说天怒示警。明英宗立即下诏大赦。监察御史杨瑄、河南道御史张鹏得以免死，改戍辽东。其他十二道御史本来都要被充军，改贬为知县。
但在石亨和曹吉祥的授意下，徐有贞还是被判处死刑。明英宗却没有批准，只将徐有贞发配云南金齿卫为民。徐有贞从此退出了历史的舞台。后来石亨和曹吉祥相继被杀，明英宗若无其事地提到徐有贞，说：“他并没有大罪，只不过石亨和曹吉祥构陷他而已。”于是下旨赦免徐有贞，放他回乡。这也从侧面反映了明英宗虽然复位成功，但在相当长一段时间内，他都无法完全掌握局势，不得不屈从石亨和曹吉祥这类手握兵权的夺门功臣。
徐有贞落难之时，身边只有门客马士权不离不弃，徐有贞曾经许诺将女儿嫁给马士权作为报答。后来出狱后，马士权到徐府拜访，期待徐有贞履行诺言，徐有贞却绝口不提嫁女一事。马士权也不再多说，自此离开了徐有贞。时人都称赞马士权的忠义，却鄙薄徐有贞的势利。
徐有贞晚年