赤眉军盗掘秦始皇陵，将发掘出的葬具、铜椁熔化掉，以取铜材。
魏晋时期，后赵统治者石虎又悍然盗掘秦陵。
唐代末年，黄巢攻入关中，秦始皇陵经历了一次大规模的破坏。黄巢盗秦陵一事历代都有传说，明人都穆《骊山记》云：“始皇陵内城周五里，旧有四门，外城周二十里，其址俱存，自南登之，二邱并峙，人日：此南门也。右门石枢犹露土中，陵高可四丈，项羽、黄巢皆尝发之。老人云：始皇葬山中，此特其虚冢耳。”都穆《骊山记》中所记黄巢盗秦陵的事情，在新、旧《唐书》均不见记载，所以，不少学者对其真实性提出了质疑，此种说法尚待专家考证。
五代时，军阀温涛以筹集军饷为名，再次大规模组织盗掘秦始皇陵。
宋太祖开宝三年（970年），下令临潼县保护和修整秦始皇陵。
清代陕西巡抚毕沅，曾为秦始皇陵立碑。
清光绪年间，秦陵又一次被盗墓贼光顾。当地官府获悉后立即派人赶来调查，发现盗洞后将洞口用实物封死不留痕迹，严加看护，防止再次被盗。但是这样重大的事情，地方志书上却没有记载，所以可能是现代版本的“牧羊人寻羊烧之”了。
民国初年，军阀混战，政局混乱，社