以及伊宁一带。高昌和喀什噶尔可以说是新疆境内最早出现的两大民族地区政权的都城了。
高昌城和喀什噶尔城也是当时新疆最重要的城市。据宋人王延德西行所见，高昌城灌溉农业发达，城市繁华，商店里出售各种乐器、花布和小花帽，佛教寺院有50多所，居民富足长寿，擅长音乐，喜欢郊游。喀什噶尔居民精于工艺，产棉、毛、丝织品和玻璃器皿、铜铁等，伊斯兰教在当地宗教中占最重要地位。
到12世纪，高昌回鹘与东部喀喇汗国先后沦为西辽附庸。西辽王朝为辽朝灭亡时西迁中亚的契丹人所建，都城虎思斡耳朵即喀喇汗国都城八喇沙衮。13世纪蒙古西征，尽取西辽地，此后新疆遂成为蒙古汗国之一的察合台汗国的领土，汗帐设在阿力麻里附近的虎牙思(今新疆霍城县境)。
明永乐十六年(公元1418年)，察合台汗国的一支后裔建政权于亦力把力，明朝称为亦力把里国，统治中亚巴尔喀什湖以南以东和我国新疆的绝大部分地区。首都亦力把里在今伊宁市，不过，《明史·别失八里传》说亦力把力“无城郭宫室，随水草畜牧”，看来所谓的“都城”可能只是一些帐篷的所在地。
明正德八年(公元1513年)又有一支察合台后裔在天山以南地区建立叶