另一个同样不愿意充当工具的克隆人6号一起，策划了一起针对研究所的叛逃行动。
此时的47和他的克隆兄弟们已经是足够精锐的杀手，刺杀过许多危险的目标，技艺也已经是越发的纯熟。但相较于研究所以及他们背后庞大的组织神意密会，他们到底还是逊色不少，只能以失败而告终。
除了6号被身负重伤的47掩护逃离之外，其他所有人都被逮捕，并且实施了情感消除的实验。
这是47生命的转折点，因为他是整个情感消除实验中唯一的幸存者。他的那些个兄弟都未能幸免，在这糟糕的试验下变成了行尸走肉。而唯有他一个，如同始终保持着一点星星之火在思想上燃烧一样，他成了一个更加冷静且高效的终极刺客。
此时的47已经完成了自己所有阶段的训练，基因改造实验的效果在他身上表现的淋漓尽致。强大的身体素质配合上严格训练出来的精湛技巧，让他在战斗方面近乎无可匹敌。而敏锐的感官和缜密且不带任何情感色彩的思维能力，则更是让他在执行任务时能轻易的布置下精密的杀局，让目标全无防备，就落入到他所布置的死地当中。
他漠视生命，从小作为致命武器培养的经历让他根本不在意生命在手上流逝的这个过程，同时，