NERV总部的麻烦则是从SEELE突然开始索要超级突击切斯特战机开始的。
不过这个麻烦被装糊涂的天才碇源堂司令给暂时解决了，毕竟就算SEELE派兵把NERV总部攻下来也拿不到那款战机……
而接下来的麻烦则是从米国第一支部那边送来的三号机，那东西的体内有异生兽因子。
再加上在运输过程中被使徒感染，导致异生兽因子被唤醒，并瞬间控制了使徒。
然后，就在大型运输机刚到达第三新东京市附近的上空，这架运输机就因为机腹上挂载的三号机重量异常增加，快要无法保持飞机升力的机组成员只能被迫将这东西扔到了第三新东京市附近的山里。
就在众人疑惑是怎么回事的时候，无人驾驶的三号机开始了突变，它的背部长出了两根奇怪的灰色尖刺。
同时它的躯干和四肢也开始膨胀，并将黑色涂装的拘束器当场撑破。
随着那些拘束器碎片掉落完毕，三号机也停止了突变，并将身体稳固成人形，身高也从原先的八十米左右进化到了九十多米。
而且对方的体表还覆盖了一层灰黑色的角质层，指尖上也长出了可怕的利爪，嘴部也彻底咧开，并长满了杂乱交错的牙齿。