机也是发了疯一般的攻击三号机，不过区别就是三号机这边因为被崩玉影响出现了变异的关系，导致实力要比原著中强得多，所以初号机并没有直接将它撕了，但是这种违背碇真嗣的意志强行出手，甚至过程中碇真嗣一直都在恳求父亲停手，碇源堂也没任何回应的行为还是彻底的惹怒了碇真嗣。
从林顿的角度当然也是很能理解碇真嗣这边的反应，就是你写信说有事拜托我让我来的第三新东京市，过来就突然让我开eva。勉强接受了这样的设定，结果突然你又说开发了一个傀儡系统来代替我，合着卸磨杀驴过河拆桥呢？就自己只是个智能驾驶之前的工具测试员呗，现在傀儡系统出来自己是不是也已经不重要了？
所谓期望有多大，失望就有多大。碇真嗣之前对自己的父亲抱有期望，还想要做些事情得到父亲的认可，但是傀儡系统就是对他所有努力的完全否定，可以说是碇源堂捏着他的脸在告诉他我更加信任机器操作，而不是你。
在这样的打击下，碇真嗣直接都自闭了。从初号机上下来之后的第一句话就是，“我再也不要驾驶这样的东西了”。很明显对于这样的情况，碇真嗣的选择就是逃避，而不是去证明什么我比智能系统有用之类的，这当然也是他的性格使然，遇到痛苦的时候，