内部，一半徘徊于沙漠之中。
时间继续向前推进，云中界发起了对下界的侵略战争，失去利用价值的机械之都也由此重现于世。圣骑士团团长派遣圣骑士奥古和被控制的精灵“机械之心”守候在机械之都中——对他们来说，这处荒漠依然算是云中界的属地。
天魔之战期间，来自麦格王国的小魔法师深入荒漠，打败了守门人奥古，收服机械之心。他得到残留在沙漠都市中的精灵元神们的指引，并与第一次失去记忆的金船长会合。
在精灵们的帮助下，小魔法师修复了通往空中楼阁的飞船。他与金船长、螺丝钉小妹、数码太阳（实体）以及机械之心（解除控制）告别，为唤醒机械之都的英雄登上了空中楼阁。
小魔法师想办法解开了吉萨所中的黑魔法，得到了她的帮助，将机械城主从沉睡中唤醒。然后，他们在一起献出魔力来复活坚守到最后的英雄高克。
三名英雄重返世间，为了替机械之都的公民们报仇而加入了战争，与麦格王国一同对抗云中界的侵略。
谁也不知道的是，因为黑魔法而产生的那份疯狂被同伴们的力量驱逐出高克体内，可这份被污染的意识，却沿着高克过去的布置进入了金船长的身体中。
对这些事一无