现在的故事聚焦于夜袭队中，准确的说是夜袭队a、b、c、d四组之一的a对之中。
这个由队长和仓英辅，副队长西条凪，以及三位队员石堀光彦，平木诗织还有孤门一辉这三人组成的五人小组之中。
往往邪恶总是会隐藏于让人意想不到的地方……
而《奈克瑟斯》奥特曼剧本修改后，里面最大的邪恶，宇宙最凶恶的破坏神黑暗扎基, 便隐藏于夜袭队里面石崛光彦队员的身体上面！
石崛光彦，不，准确的说是山冈一，其人是十八年前时被来到地球的黑暗扎基使用凭依能力强行附身并抹除意识的人类科学家，这些年里面他都是披着人类的马甲，实则是以黑暗扎基的意识在行动着！
黑暗扎基没有完全复活, 作为人类行动的这些年里面, 他一直跟随着蓝星对付异生兽的终极战队夜袭队, 黑暗扎基的人类体作为夜袭队的一员，他与那些队员们一起，经历过千辛万苦击败了无数被他强化过为人类带来痛苦与绝望的异生兽！
同时黑暗扎基也见证了那拥有着他的宿敌诺亚奥特曼一般光之能量的光之巨人奈克瑟斯奥特曼，一次又一次拼死一般的英勇战斗！
对此黑暗扎基的内心充满了戏