星云化作光量子来到地球的“来访者”。
黑暗扎基，其实就诞生在这些“来访者”的手中。
在很久以前，“来访者”们的星球也遭受到了异生兽的入侵。
在那个星球上，也有好几个人获得了诺亚奥特曼的光之力量，并且一一传承。
然而有一天，能量不足的诺亚陷入了沉眠，光之力量出现了空缺，异生兽开始肆无忌惮地横行……
于是，来访者们便对诺亚奥特曼的外表进行彷造，制作出了一个和诺亚极为相似的奥特曼。
名为扎基。
一开始，扎基确实在帮助来访者们消灭异生兽，但后来扎基知道自己只是个彷制品之后，便堕入了黑暗。
接着开始增殖异生兽，并且控制异生兽。
那颗星球的人们为了消灭异生兽和黑暗扎基，不得不引爆了自己的星球，产生超新星爆炸。
但是……黑暗扎基依旧活了下来。
不过诺亚也再次复苏, 并且在超新星爆炸之中和黑暗扎基一同进行了一场超越时空的战斗。
最终, 扎基被击败，并且来到了这个地球。
诺亚也失去了能量再次沉眠，并且开始寻找适能者。