最高统帅部调入甘肃、陕西、甘肃的部队，很快在最高统帅部的命令下，开始到处进剿流贼匪盗。
在保持军事高压的同时，最高统帅部接着开始对辽东镇之外的八个镇进行了初步的整顿，即核实兵员，最高统帅部直接下发军饷。
最高统帅部内，参谋部制定了一个新的边军军饷发放方案。
“全面核实兵员之后，每个边军一个月发放军粮补贴半石，腊月发放军粮1.5石，全年发放军粮7石，当前八镇还有兵员大约70万，每年最多发放军粮490万石。这些军粮运到边镇，边镇局势就彻底稳了，就是开支有些太大了一些。”孙传庭有些迟疑的对朱由校说道。
“无妨，此次查抄走私商人，肯定能弄到不少钱粮，这些军粮朝廷还是拿得出来得。反正这个方案，也就是对付着先用几年。”朱由校淡定的说道，只要边军稳定下来，农民起义根本就闹不起来，也就不会如同历史上那样，被满清捡了便宜。以大明的‘高筑墙’策略，只要没有大批流贼，建奴怎么打都不可能灭掉明王朝。
先这么应付几年，让边军能吃饱肚子。等局势再稳一些，就可以对边镇那些武官、权贵下手了。要知道，过去边军每年不仅能自给自足，还能向朝廷缴纳一千多万