雷尔生在军舰上接见了使者，对使者提出了要求保障他们人身、财产安全的要求。眼见跑不了，雷尔生也做好了投降的准备。但要是性命不保，自然还是拼死一搏。
“接受红毛的要求，向他们许诺。我们大明保障他们的人身安全，以及个人财产不被没收。”孙义国得知这些荷兰人的条件后，稍稍思考了一下便答应了下来。港口内的荷兰军舰还有七艘，荷兰人只要投降了，这些炮舰就是水师的东西了。
“圣上现在正要建造炮舰，俘获的这些红毛炮舰应该会很有用的。”
在这样的想法之下，荷兰人的要求得到了满足。眼见突围无望，荷兰东印度公司巴达维亚舰队司令雷尔生只能投降。
港口中的荷兰军舰升起了白旗，随后被登莱水师控制。
短短两日的时间，澎湖就正式宣告收复，岛上荷兰人及荷兰舰队全军覆没，荷兰人被俘六百三十五人，被俘军舰九艘。其中三艘为快舰，六艘为炮舰。同时荷兰人被击毙三百六十三人，三艘军舰被击沉。
澎湖岛上的百姓，闻讯之后欢呼不已，纷纷送来各种渔货犒军。同时一群澎湖百姓，跑来找孙义国请愿。
“大人，朝廷要为我们做主啊！我们家男人被这些红毛掳到南洋去了。