缴之后，皇家农业公司在台湾西部接连建立了六个据点，同时在台北、宜兰地区也开辟了据点，每个据点都开辟了大片农场。
唯一的问题就是台湾的土著发生了矛盾，不过很快被镇压了下去。对待这些土著，官府采取的快刀斩乱麻的政策，先镇压，后安抚。
把土著打怕、打乖，然后纳入管理，一视同仁。愿意生活在山区的土著，朝廷承认他们在山里的地盘，并定期开设市集与他们交易，双方和平相处。而在平原上生活的土著，则一律纳入官府管理。要么分给土地自己耕种，要么成为皇家农业公司的工人。
要想快速的把台湾开发出来，磨叽的政策是行不通的。尽管那样可以缓和矛盾，增加磨合的时间。
但朱由校要让台湾成为大明的商品粮、商品糖产地，就不可能那样墨迹。
对于纳西土著来说，生活在大明的管理之下，他们的生活质量也会更好。毕竟如今台湾是以皇家农业公司为主的开发模式，大明不会向台湾移民太多人。因此农场工人的待遇是十分不错的，尽管工钱未必有多高，但是福利却是有所保障。相比他们此前甚至有些茹毛饮血的生活水平来说，生活质量是大大提升了。
大明还有先进的文化，那些没怎么开化的土著也将