下，两次修改合同，在俱乐部的地位无人能撼，这也为他进入弗洛伦蒂诺时代制造了很多麻烦。
2000年的夏天，弗洛伦蒂诺竞选皇马主席，卡洛斯是唯一一位公开支持桑斯的球员，这份义气让已经被遗忘的桑斯至今感佩不已，不过卡洛斯也仅仅赢得了这一点。
进入弗洛伦蒂诺时代。卡洛斯的名字多次被俱乐部列入清洗名单。
幸运的是，主教练博斯克的正直和弗洛伦蒂诺对于打造银河战舰的追逐，使得卡洛斯一次次躲过厄运，但是在皇马所谓六大巨星中，卡洛斯的经济地位是最低的。虽然他凭借自己的能力以及队友、球迷的拥戴出任了球队队长，但是皇马俱乐部从来都不在大问题上与他交流和商榷，主席弗洛伦蒂诺的手机里，只有罗纳尔多、费戈、贝克汉姆、齐达内和劳尔的电话号码和通话记录。
2003年，在卡洛斯与皇马获得最近一个联赛冠军后。弗洛伦蒂诺开始了杀戮。
事实上，卡洛斯当时也进入了黑名单，只是在同胞罗纳尔多和新任主帅奎罗斯的合力劝阻下，弗洛伦蒂诺才收敛了“杀心”。但是这并没有造就卡洛斯的幸运。相反，他开始进入一个远离荣耀的周期。
接下来的四年时间，卡洛斯在一次次