不过，盟军的爱因斯坦博士又创造出了新的科技产品——时间机器，他希望能够通过时间机器回到大战的初期，销毁全世界的心灵控制器，并摧毁尤里的武装力量。
另一方面，苏俄的残余部队也在打着时间机器的主意，试图铲除尤里并改写失败的历史。
它们分别对应游戏的两种结局，盟军结局和苏俄结局。
盟军结局自然是以美国为代表的盟军大获全胜，尤里藏匿在南极的基地被盟军摧毁，尤里被抓获，他将在爱因斯坦教授专门设计建造的“心灵隔离室”中度过余生。
时间轴重新结合将世界恢复到战争开始之前，死亡的卡维利将军复活，苏俄也成为了盟军的附属。
至于苏俄的结局就有些意思了，尤里藏匿在他家乡罗马尼亚的要塞被苏军摧毁，尤里还想逃脱失败的命运，他修好并启动了遗留在旧金山的时间机器并驾驶时间机器逃离。
可惜的是苏联少尉索菲亚依旧有控制时间机器的密码，她略施小计将尤里传送到了白垩纪并释放了时间机器的所有能量，使尤里被困在白垩纪。
面对恐龙他的心灵控制一点作用都没有，可怜的他就这样被暴龙吃掉。苏俄军队征服了地球，就连月球也并入苏俄的统治下，并且还在向