本中可以使用所有的次元能力，不过公会副本的等级方式与次元之塔的段位不一样。
公会副本的等级计算方式是独立的。
最初所有人的等级都是lv0，通过一关后晋升一级。
假设第一层的副本空间——
公会成员的等级是lv0，而怪物的等级是lv1，我们打败第一层的boss之后就会晋升到lv1，次元里面的技能什么的全部可以在这里使用，不过使用技能需要将蓄气槽填满，蓄气槽的填充需要普通攻击能够击中怪物。
普通击中提升十分之一的蓄气，要害击中提升五分之一的蓄气。连击一次提升十分之一的蓄气，所谓的连击是指两次普通攻击间隔不超过1秒。
蓄气槽会随着等级上升而不断提升次数，1只有一个蓄气槽。之后每升级一次增加一个蓄气槽，就是说lv100时拥有着一百个蓄气，那么就是能够释放一百次技能。
还有，奥义的话不需要蓄气就能够释放。
这是公会副本战斗的基本攻略，所有公会都是一样的。
而且公会副本的地图也是多种多样的，会随机出现各种次元世界的片段地图，比如会出现火影世界的地图，怪物是无名的忍者和忍兽，boss是忍者也可以