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木叶暗部在亚瑟的带领下顺利的完成了土之国边境任务，此一役，云隐村三代雷影及其多名优秀部下阵亡，岩隐村损失不计其数的忍者，土之国边境的村庄遭受到‘雷之国’残忍洗劫。
岩隐村在收到边境失利情报后选择投诚，正式与木叶隐村建立了和平联盟，而且是以战败的形势。
如此一来，砂隐村与岩隐村同时被木叶战败，砂隐的功劳归于大蛇丸，岩隐的功劳归于波风水门，木叶隐村中对波风水门这个三代火影徒孙以及自来也亲传弟子的呼声渐高。
但是，事情并非那么简单的结束。
团藏开始了反击，一方面他支援大蛇丸成为火影，另一方面整备根之残部，是的，在亚瑟执行根之清除的当年，有部分的根成员在外执行任务，同时有部分的精锐被团藏提前藏了起来，亚瑟的斩草未除根，给予了团藏翻身的机会。
团藏通过向木叶的两名顾问水户门炎与转寝小春，哭诉三代目猿飞日斩指使暗部杀害忠良，在没有确切证据的情况下仅凭着风声就将大量的根部精英杀害，使得村子蒙受重大损失，指责其已经不再适合身居影之职，而村子也需要一个更加年轻优秀之人来领导……