领导天下各个军区和军镇。
刘钧的这套指挥体系里面，军机处成为军事最高决策中心，而兵部改为军政系统，负责的是行政后勤这一体系。大明军队的指挥链条，将是皇帝-军机处-枢密使-总参-五军司令部-各军区-军镇为基本链条，负责大明军队的作战指挥、控制、协调和训练等。
“军机处直接向皇帝负责，其成员为四顾命大臣、兵部尚书、枢密使、总参谋长、前后左右中五军司令、以及陆军司令、海军司令、总装备司长、总后勤司长。”
整个军机处核心成员达到十六人。
军机处是枢密院和兵部的上级，沟通皇帝、总理处和下面的兵部与枢密院。
这是一个很复杂的结构，不过聪明如周延儒、吴甡等人还是一眼看出来了刘钧的真正用意，绕了这么一大圈，实际上就是冲着兵权来的。
如果刘钧当初没撤除五军都督府，那么就很难把指挥权从兵部中抢过去。现在绕上一大圈，先撤除五军部，回头又说兵部权利过大，军政军令不分，然后转头就设立了一个枢密院，还特别设了一个军机处，顿时兵部的核心权力立即被剥夺了。
搞这么复杂，只为掩饰他夺权的野心。
偏偏他还这么聪