大同、昌平、蓟镇、迁安、永平、前屯，每处都驻有一协兵马，同时在宣府、密云、遵化和山海关、宁远五处，各集结部署了一个师。
此外，刘钧在通州设立了讨逆行辕，集结了三个师，居中策应。
整个明军的防御，因此形成了三个层次，不但在整个长城一线布防，同时还在几个重要的防区部署了重兵，能够随时支援策应。又有刘钧在通州的几万总预备军，能随时居中策应。不管清军想从哪一个点进攻，明军都能保证有兵可守，同时后方能够迅速支援。
在这个防御指挥系统中，刘钧这位顾命辅政大臣兼内阁大学士兼直隶总督出任的督师，自然是全权统领指挥。
刘钧在通州设立了讨逆平叛司令部，司令部下架设起了参谋处、作战处、后勤部等，司令部直接统领下面的各师、协。这实际上是把两大军区的数镇兵马直接指挥了，并且打破了原来的军师协这样的指挥层次。
刘钧这样做，既是为了指挥方便，更是为了直接把虎大威和猛如虎、左良玉等总兵官们甩到一边，绕过他们，直接指挥到下面的师、协。正因此，刘钧这次才搞了这个指挥体系。
尤其是刘钧就如同当初在辽东时一样，对于那些内臣监军、文官的巡抚