掌握着上层，并且双方都各有支持自己的武装，因此形成微妙平衡。
但在五年前，在五世的老师罗桑曲结的秘密邀请下，原本放牧于西域的卫拉特和硕特部首领固始汗突然率军攻入了青海。
五世赠给固始汗丹增却杰称号，意为持教法王。
固始汗有意仿效当年俺答汗之举，通过黄教大赖的封赠，加强自己的地位。他率领本部人马，加上巴图尔珲台吉的部份准噶尔军队，进入了青海，击败了盘踞在此的却图汗阿尔斯兰父子。
此后，他又进攻甘孜一带消灭了当地的白利土司，战争持续一年，固始汗占领了白利土司统治的全部地区，今四川北部的德格、甘孜、邓柯、白玉、石渠、玛尔康等部落，都成为和硕特蒙古的统治区，顾实汗俘虏并处死了顿月多吉，释放了被白利土司关在监狱里的格鲁派、萨迦派等所有喇嘛。由此，顾实汗得到了西藏各教派除苯教外全体喇嘛的钦佩和感激。
不过此时，汉军西进。
郑芝龙率领所部收复陕甘，并把青海的河湟谷地一带收复。
而张山、蔡远的部队从汉中入川，再越过大雪山，将藏区东部沿四川一带控制，并建立了西康省。
汉军的进军速度神速，大大出乎固始汗的预料，