经过七十余年，其实也仅是夺得了北部地区的控制权，在南部群岛依然有很强的土著反抗力量。
因为过去北部的地形以及并不盛产香料，因此以往北部不如南部强盛，这也让西班牙人早年有机可乘窃夺此地。经过这些年的发展，西班牙人一面大力经营马尼拉这个港口城市，把他发展为一个贸易港，同时也在菲律宾发展天主教。并把许多土地分封给教会。
通过教会的影响控制，西班牙对于菲律宾，尤其是北部的控制还是很成功的，他们在这里建立了许多庄园，除了一些手工商品还不足以自给外，粮食等物大多能自足了。
多年来前来吕宋的华人无数。西班牙人几次屠杀前加杀掉的华人都有三四万人，可依然还有许多华人。
一直以来，西班牙人都凭借着从马尼拉直到美洲墨西哥西部沿海城市阿卡普尔科的海上贸易航线，这条独特的太平洋航线曾经多年被西班牙人握在手里。
从美洲运来白银，换取中国的丝绸瓷器茶叶以及南洋的香料等。
但这几年，马尼拉一天不如一天，荷兰和英国人一直在封锁打压，太平洋的航线也不再是独家拥有。日本的排教让西班牙失去了日本市场，紧接着大汉代明。西班牙又丢掉了台湾鸡笼港。