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朝廷眼下的重心还是放在中南半岛上，争取能够早日扫平整个中南半岛。在此之前，对南洋地区以温和手段为主。
正是在这种策略调整下，朝廷将整个南洋都归入了南洋省内，然后在南洋省内设立了吕宋、婆罗洲、爪哇、苏门答腊和马六甲、望加锡六个府。
不过实际上，除了在吕宋府的吕宋岛拥有大部份实际控制区外，其余的这些南洋群岛上，都仅有接管自西夷的一些殖民据点。南洋绝大多数地方，都是由大大小小的许多土著国家控制着。
南洋公司打着大汉的旗号在南洋各地迅速扩张，在接收原西夷殖民地据点的同时，也以通商贸易等为由，在诸岛的一些重要海峡海岸，租借或者购买一些适合建港筑城的港口，然后建造码头筑造城堡，设立商站，为大汉进一步加强对南洋的控制出力。
与此同时，朝廷也交给南洋公司一个重要的任务，就是让他们利用与南洋土著通商的机会，与各土著国加强关系，并引导南洋土著接受大汉为宗主国，让诸国成为大汉的藩属。适当的时候，适当的机会下，也可以拉拢分化南洋的土著，让他们争斗，然后大汉居中调停，以争夺最大利益。
不过现在南洋地区西班牙、葡萄牙都已经撤出，英格兰也早