为了配合青丘府新城规划建设，同时也是基于封地发展模式有别于其他地方，设置六曹下设机构时，在参照朝廷六部的基础上，也做了一些调整。
曹以下机构称之为科，主官即为该曹主事。
吏曹掌品秩铨选之制，考课黜陟之方，封授策赏之典，定籍终制之法，下设吏曹科、司封科、司勋科以及考功科，跟吏部一致。
类似的还有刑曹，下设治安科、提刑科以及典狱科。
礼曹掌典礼教育之事，考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用，管理封地学堂以及对外交往，下设仪制科、祠祭科、外联科、教育科以及医卫科。
除前两科跟朝廷一致，后三科则是新设机构，其中，外联科掌对外联络事务，等同于封地“外交”机构。
因为封地没有外交权，故而改称为外联。
教育科统筹管理府一级的书院，县一级的中级学堂以及乡镇一级的初级学堂，推进通识教育的同时，还要肩负起推广地球科学的重担。
医卫科执掌医疗卫生事务，也是乾元准备大力推进的一项新政。
户曹掌封地疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜，下设户曹科、民政科、财税科、商业科以及招商科。
毫无