摇旗、贺珍等部联合作战，成为后来“夔东十三家”之一。
就在二王兄弟退往夔东地区的路上，吴进忠突然率部掉头返回郧阳，王光泰闻讯后急派使者往吴部阻止，殊料使者还未入营就被吴进忠手下斩杀。杀掉使者后，吴进忠一刻也不敢停留，星夜直奔郧阳向清军投降。再次隆清的吴进忠得到了喀喀木信重，不仅没有夺其部曲。更是任其为郧襄副将。
顺治六年，因南方王得仁、金声恒、李成栋等人相继举旗反清，清军连失数省地盘。各处兵力亦是吃紧，清廷遂从辽东召尚可喜与耿仲明二王率家口旧部入关南下。二王行至湖北时，因吴进忠身材高大，一脸虬须，颇有古之大将风范，尚可喜见之心喜，又知其部本是农民军，战力相较原明朝军队改编过来的绿营兵要强，便有意将其召入麾下听调。
不过尚藩南下兵员清廷已有定制。不许其私自征召，尤其不得招募绿营将兵。更不得私藏兵将，为此尚可喜着实费了一番手脚方将吴部纳入麾下。初时。只要吴进忠于藩下听命，并不曾收入旗中。
此后平、靖二藩挥师广东，大小征战上百，吴进忠所部每战都为先锋，斩获甚众。攻打广州之时，吴进忠更是自请所部十八勇士为入城先锋，趁夜骗开广州城门，为清军攻入城中