、户部、库部、刑部、学部、工部。各部由内阁首辅总理其事，或称总理大臣，而次辅称协理大臣。
原朝廷政务以都察院察之。然周士相认为御史风闻奏事，未免流于轻浮。或以政自阁出，而以刑名、赋税托之，有相掩之弊。故裁撤都察院，于枢密院下设审计院担负监察朝廷之职，又设裁判院管审案之责。原大理寺审案职责裁撤，专疏解律令之责。
原通政使司归入枢密院管辖，职事由原向内廷递进奏疏改为接收民间告状文书，梳理分类后送呈内阁、裁判院、大理寺各部办理，并行督促察明之责。
原内廷二十四衙门全部裁撤，设宫务院。原太常寺（祭祀）、太仆寺（车驾）、光禄寺（宴寿）、翰林院（词臣）、鸿胪寺（典礼）五个衙门一律并入宫务院，并设尚宝司（印玺）共六衙门。宫务院由枢密院管辖，专司内廷差遣职事。
除大小衙门改制外，宪令又涉科举事。规定自经史科外，增设算术、格致、兵备、理财、律令五学。会试易三年为二年。独善经史而不善五科者，止授翰林词臣之阶，不授职事。中试者依五学评语，或授其官，或入官学。
军队的改制周士相已经在进行，这份宪令便是他对朝堂改制的具体办法。
这份宪令涉及