务和财政，相对来说，军务比较容易，毕竟唐毅长期耕耘，手上的人马众多，不论是兵部，还是九边，包括领兵将领，到处都是唐毅的人。
他把军务改革交给了唐汝楫，很快唐汝楫就拿出了方案。
由于要针对俺答，展开反攻，唐汝楫认为一切以强兵为先，他提出混编人马的主张，从九边选拔敢战的精锐，编入从南方调来的军中，结合边军的经验，和南兵的训练，快速组成两只拳头。
在辽东方面，由巡抚李天宠负责，麾下云集汤克宽，杨安等名将，组成辽东军团。
在宣府方面，由新任宣府巡抚殷正茂负责，手下集中俞大猷，马芳等部人马，作为攻击俺答的主力，
另外由谭纶坐镇中军，统辖戚家军，加上启用原来的苏松巡抚曹邦辅为天津巡抚，负责后方。
按照部署，形成前中后，三层联动，互相配合的态势，对俺答方面，形成强大的压力。
唐汝楫认为单纯的军制改革必然引起将门的反弹，他提出以打促改，在战斗中，发现问题，改革问题。
同时他还有一个理由没有说出来，那就是只有打仗，只有军功，才能扶持出新的军官集团，去抗衡，乃至取代世袭将门。
这一点唐毅非常赞同，他