经受住考验后，继位为丐帮帮主。在他继任帮主当天，汪剑通亲笔写了一封密信，内容是关于萧峰的身世，并嘱咐副帮主马大元等人，一旦萧峰有反汉倾向，立即诛杀以绝后患。
萧峰继任帮主后，丐帮继续兴盛，但几年后，丐帮发生了一系列重大事情：先是丐帮副帮主马大元被害，之后全冠清等人得知了萧峰的契丹人身世，率领宋奚陈吴四大长老擒杀萧峰，丐帮众长老最终被萧峰仁义所动，不想揭出真相。但萧峰最终知道了自己的身世，萧峰伤心不已，自行离开丐帮。
这之后，丐帮逐渐衰落下来。
丐帮群龙无首，偶遇武功高强的游坦之，全冠清将其收留，立其为帮主。丐帮与星宿派大战，游坦之屈服于星宿掌门丁春秋，被帮众鄙视并抛弃。全冠清也被丐帮长老吴长风率领帮中正义之士处死。
萧峰北上，被辽主耶律洪基封为“南院大王”。哲宗初年，耶律洪基决定攻宋，萧峰不肯向北宋发兵，与耶律洪基决裂。雁门关上，萧峰将丐帮武功尽数传给虚竹，以一死换回宋、辽两国人民数十年的平安。
后来，虚竹将丐帮武功传给丐帮长老吴长风。吴长风年岁已大，虽竭力复兴丐帮，终究无多大作为。吴长风担任帮主没几年，便与世长辞。