书令，副职左右仆射空缺。尚书令这个职位实际不任命，由副长官左、右仆射代行职权。仆射之下有左右丞、左右司郎中、员外郎，负责都省职事，总领六部。
但现在的尚书省就是空架子，挂在尚书省下面的六部，则由公孙厉父子双重领导。尚书省的存在，主要就是督促六部，现在空缺影响不大。
六部之中吏部为首，吏部下设吏部司、司封司、司勋司、考功司，掌管天下文官的任免、考课、升降、勋封、调动等事务，相当于前朝组织部。
吏部虽然权力极重，但现在没有人能当官，竞争不激烈。所以公孙策用贾诩这个混饭吃，不干活的牛人充任吏部尚书，所以吏部暂时也是空架子。
户部掌管全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。其内部办理政务按地区分工而设司。各司除掌核本省钱粮外，亦兼管其他衙门的部分政务，职责多有交叉。户部尚书空缺，以李儒为户部侍郎，总管户部。
礼部管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。下设四司，仪制司，掌嘉礼、军礼及管理学务、科举考试事；祠祭司，掌吉礼、凶礼事务；主客司，掌宾礼及接待外宾事务；精膳司，掌宴席及宴席相关的粮食牲畜等事务。
礼部尚书空缺，以