面约2里的大沙沥海面准备卸货，水师巡弁李炎山等上船查验属实，船主亦无可置辩，遂将船械暂扣，一齐带回黄埔，准备照章充公。弁员还撤去船尾所挂的日本国旗。
日本驻华公使林权助得知消息后，于2月14日向清廷外务部发出强硬照会，声称“第二辰丸”号拥有运载军火进入澳门的准单（因此不是走私船），该船并未在中国领海卸货（因该处为葡属澳门领海），因此，要求清廷“速放该船，交还国旗，严罚所有非法之官员，以儆效尤。”
葡萄牙公使柏德罗2月18日照会清廷，称“第二辰丸”号“系装载枪枝运卸澳门，该船被拿，有违葡国所领沿海权，并有碍葡国主权，阻害澳门商务……”应“即刻释放，以便该船随便前往所拟往之处为荷！”