文蔚、谭人凤、陈炯明亦在通缉之列。不久，黄兴、陈其美、居正、戴传贤、邵元冲、邓铿、田桐等亦先后亡命至日本。
这一次战争的结果使得北洋军源源进入南方各省，除了广西、贵州、云南、四川省外，其他南方各省都成为了北洋军及其附属军的征服地，袁家天下已囊括了全国十分之九。至于桂、黔、滇、川四省为什么没有给北洋军侵入，一来是这四省的都督都不是属于国民党系，二来是这四省地处偏远，袁觉得鞭长莫及。由于地盘扩大，北洋军既要镇摄北方，又要占领新夺到的南方各省，当然感到兵力不敷分配，于是乃大举扩充，从此北洋军的番号便越来越多了。
袁在对南方用兵过程中，在用人问题上充分表露出无制度，无标准，完全是家天下作风，既派刘冠雄为南洋巡阅使（他所指的南洋是江浙一带），又派雷震春为长江查办使；既派冯国璋为江淮宣抚使，又派张勋为江北镇抚使，还有一个江北检讨使蒋雁行；既派段芝贵为江西宣抚使，还有一个连职名也相同的赵惟熙；至于湖南，就派了三个查办使：曹锟、汤芗铭和郭人漳，又派了两个检查使：张学济和朱树藩。这一幅多采多姿的升官图，据说连袁自己也记不清楚总共发表了多少官职。真是五花八门，叠床架屋，在袁来说是羁糜天