张勋的报捷电刚刚写好，攻入朝阳门的北洋军又因触发地雷而溃退下来了。以后就发生了北洋军放火焚烧下关的惨剧，正像两年前火烧汉口一样，而下命令火烧下关的，也正是这次进攻南京的主将，两年前下命令火烧汉口的冯国璋。
太平天国时代，野蛮的清军将领用三天不封刀的办法鼓励士气，在攻下一座城池之后，放纵兵士在三天之内任意地奸！淫抢劫，直到第四天出示安民之后，这些行为才被“禁止”。南京人民曾经遭受过这种惨无人道的蹂躏。这次张勋正是采取了这个办法，进城的前三天之中，南京又一次地化为人间地狱：雷震春的兽军在南门，张勋的兽军在北门，好像划分势力范围一样，挨家挨户地进行抢劫，上自天花板下至阴沟，都因兽军严密搜查受到破坏，只有搬不动的地皮没有被抢走；甚至有一家被抢好几次，抢光之后被兽军放火把房屋烧掉了的。奸！淫与抢劫同时进行。不少妇女在秦淮河投水自杀。
由于讨袁军总司令是湖南人，而坚守南京城对北洋军进行英勇抵抗的兵士，绝大部分也是湖南人，所以张勋恨湖南人恨得最厉害，湖南人的“乱党”嫌疑也最重。湖南会馆首先被查封。因嫌疑而被乱杀的湖南人不计其数。在大抢劫的过程中，城内大街小巷发现了形形色色的怪现象