力越过乌拉尔山向莫斯科推进时，他以东方战线南方集团军的身份组织起对高尔察克的反攻。1919年8月，他又改任土耳克斯坦战线司令部，肃清了当时的反革命武装。以后，他又转战于南方战线，一次又一次地击溃了协约国的武装干涉军。其中最著名的一仗，就是克里木战役。弗兰格尔线部凭借彼列科普地峡的天然地形，请法国军事专家修筑了坚固的工事，吹嘘这里是第二个凡尔登，是不可攻破的。但是，战斗中，伏龙芝奇兵突起，强渡锡瓦什海峡成功，一切神话都破灭了。列宁对这次战役评价很高，认为“这次胜利是红军史上最光辉的一页”。为了表彰他的功绩，苏维埃政府授予他荣誉革命武装——一把带有“人民英雄”题词的军刀。
中国和红俄签署条约后，很快就派出军队接管中亚城市，包括伏龙芝的出生地比什佩克城都插上了中国的五色旗。中国军队对当地居民采取了和当年俄国人一样的手段，将原住民移走，然后大量移植本国人民充实地方。为了应对中国在中亚的强势扩张，列宁把伏龙芝派，伏龙芝来到中亚的第一件事，就是推翻了布哈林汗国的曼格特王朝，建立了隶属红俄的布哈拉红俄军和布哈拉共和国。并且，伏龙芝还利用中亚原住民对中国的不满，动员起了十万人围攻撒马尔罕，本