虽然艇长还在医院就诊，但艇员们还是决定立即启航离开塔林，但不巧的是12月21日天德国货船“塔拉塔”号刚好从塔林出发前往德国，因此“雄鹰”号无法立即启航逃离。（根据国际法规定，双方交战国船只如果从同一中立国港口出发，那么前后时间间隔不能少于24个小时。）滞留在港内的“雄鹰”号被迫又等了整整一天，最终还是被爱沙尼亚当局扣留了。
时任爱沙尼亚军队总司令的约翰?拉伊多内将军主持召开了特别会议，商讨如何处置波兰潜艇一事，最后决定拆卸潜艇上的鱼雷、弹药和火炮尾闩，没收艇上的海图及导航设备，所有艇员也要被囚禁在沿岸的兵营内。12月26日，还不放心的爱沙尼亚当局又下令抽取潜艇上的燃油。随后爱沙尼亚的报纸向外界报道了爱沙尼亚扣留波兰潜艇一事。不过，爱沙尼亚当局采取的保安措施却异常疏忽，潜艇只有两名爱沙尼亚哨兵看守，以至于后来这艘潜艇逃离的塔林。波兰潜艇的逃逸触怒了德国，却也正中了苏联的下怀。
苏联《真理报》发表了塔斯社的一份声明，声明指出：“有足够的证据显示，波兰海军的潜艇在波罗的海国家的支持下，正隐藏在三国海域内。爱沙尼亚政府有预谋地释放了已被扣留的波兰潜艇。苏联红旗波罗的海舰队有