器本人的身体，因为年事已高，恢复地并不好。
崇祯皇帝到达之后，首先便对第一次战事做出了定性：这是一场大捷，粉碎了准葛尔部叛逆的阴谋，在哈密坚守无投降，正是体现了大明坚强不屈，保家卫国的军魂，因此，所有在哈密坚守的大明将士，均被记功，并受哈密纪念章一枚。
甘肃巡抚吕大器有过有功，但功大于过，升左都御史，兼太子少保，准其告老还乡，休养身体。
另外，哈密之战中战死将士，全入大明忠烈祠享大明香火，家属按律得到优待；
但是，在哈密之战中溃逃的那一部分，就和当初辽东部族投降大明一样，全部降为奴隶兵，准他们随军继续作战，戴罪立功者方能重新转为正式的大明将士。当然，对于那些百户以上军官溃逃的，崇祯皇帝没有手软，军前斩首示众！
雷厉风行地做出了赏罚之后，崇祯皇帝的身边，就是四万左右洪承畴所部，以及一万多骑骠骑营将士，人数重新达到了五万多人。
不过这其中，有五千多成了步卒。这些人就不方便继续随军，因为赶不上大军行进速度。因此，崇祯皇帝下旨，他们在哈密就地驻守，修筑哈密，为将来大明掌控西域做准备。
然后，他就领着四万五千多骑，再次西征，从