《轮渡上的杀手》说的是一个父亲为帮自己因遭受性侵而导致自闭的女儿复仇，从而沦为杀手的故事。
影片的结尾，是这位父亲最终在轮渡上遭遇警方围捕，跳入长江自杀了。而他的女儿由于创伤后应激障碍，始终在医院接受治疗，对父亲的死久久无法释怀。
“这个结尾是在老师的强烈要求下才改的。”顾岛惋惜道：“但我至今都还是更喜欢最初那版设定……父亲曾带着女儿回到他们以前居住过的家，屋子的后面是一片芳草连天的山坡。他们曾在这里捡过一朵蒲公英，父女俩将其吹散了。女儿在父亲死去的若干年后重新回到了这里，发现这片山坡上已经开满了蒲公英，风一吹，蒲公英便飞入天空独自展开旅行。女儿释怀了，重新走入阳光。可老师却说，这样的结尾放在犯罪类型片里显得多此一举，还坏味道。”
关于影片原本的结尾，南风还曾跟沈识讨论过，南风觉得这样的处理让他有种一口气憋在胸口始终出不来的感觉。虽然这可能也是创作者的本意，但自己还是更希望能看到一个诗化的结局。
眼下听顾岛讲起另一版结局，沈识觉得这应该就是南风希望看到的故事。一如合欢花深处的某座坟冢、开满了杜鹃花的山坡、和一枚被某人牢牢攥紧在手中，到死都