（1901年）11月，李鸿章病死，大头改署理直隶总督兼北洋大臣。新任山东巡抚杨驷骧对倪知府很看不顺眼，到处给小鞋，于是混不下去的倪老兄就跑天津去继续投奔袁老大。1907年4月，徐世昌出任东三省总督，经老袁荐举，由徐上奏准倪嗣冲署黑龙江省藩台。
可这家伙没干多久就因为贪污受贿被参，交刑部定罪。原本在清朝后期，贪污受贿算个屁的罪名啊，可因为他是大头的人，宗社党那伙人正到处找大头的小辫子，看到这机会，哪有不大踩特踩的道理。于是倪嗣冲就倒霉了，被定了个死罪。倪嗣冲为了保命，马上唆使其侄子倪道烺自认顶替罪过，并给庆亲王等满族亲贵送上巨额贿赂，再加上袁世凯的活动，终于保住了性命，只是革职了事。
老袁掌握朝政后，就想起了这个差点因为自己挂点的小弟，于是马上就把他提拔起来，担任新编第16镇统制，驻扎蚌埠。
可能有人会问，倪嗣冲这家伙不是军伍出身，怎么能做一镇统制呢？可大头也是没办法，手里没人啊。说句实话，大头现在真的信不过那些非北洋出身的军官了，甚至那些不是小站练兵时就投靠他的北洋内部非嫡系军官，他都不太信得过了，各地少壮派军官连续不断的出奔，可是把他搞怕了。