率领第2、第13、第16三个镇，出兵安徽剿灭淮上军。
淮上军的战斗力虽然比巡防营高点，但也是只有五的样子，哪里是北洋军的对手，双方一对阵，立即就被打得落花流水，他们的老窝颍川府连半天都没坚持住，就被北洋军的重炮轰开了。淮上军主力被一战全歼，剩下的全部跑回了寿县一带躲了起来。
因为倪嗣冲是内定的安徽都督，北洋军打下颍川后，段祺瑞就带着第2、第13镇回去了，留下他的第16镇继续清剿残敌。
倪嗣冲这家伙打仗不行，但鱼肉百姓，搜刮小钱钱的本事却是一等一的。于是颍川一带的豪强士绅就倒霉了，这些人多少都和淮上军有些关系。倪嗣冲就以此为借口，以“追剿淮上军”、“查办社团、帮会”之名，大肆捕杀当地豪强士绅，连普通百姓也被牵连了很多。倪嗣冲为了搜刮，在皖北一带抄家灭门的事情干了不知多少。搞得皖北民众恨之入骨，称其为“倪屠户”。
倪嗣冲统治安徽期间，一方面依靠地主豪绅残酷压榨民众，横征暴敛，苛捐杂税名目之多不下30余种，滥发的毫无基金的纸币及公债券也不计其数。他把搜刮来的大批钱财存入天津日本银行，供倪氏家族过着奢靡腐朽的生活。另一方面又残酷打击革命进步势力，