英国在马来联邦中实行所谓“间接管理”，以便和在海峡殖民地所实行的“直接管理”加以区别。联邦的首脑为最高专员，由海峡殖民地总督兼任，但实际上负责统治的是联邦的总驻扎官，他秉承总督的意旨处理联邦事务。
1909年设立马来联邦会议，由马来联邦最高专员兼任议长，各邦的法律均由联邦会议通过，然后交付各邦苏丹执行。各邦的最高行政机关为邦务会议，由各邦苏丹兼任主席。英国派驻在各邦的驻扎官为当然议员，负责征收捐税，决定立法措施等。事实上，在决定具有实际意义的问题时，苏丹是英国驻扎官和顾问手中顾从的工具。
最后就是马来属邦，它是由马来半岛南北两部分不曾加入马来联邦的柔佛、吉打、吉兰丹、丁加奴及玻璃市5个邦组成的。
位于马来半岛北部的丁加奴、吉兰丹、吉打和玻璃市，因为一直是暹罗的藩属，在政治上与暹罗有着不同程度的依存关系，不可能同时与马来联邦的各邦组成联邦。英国为了并吞这些土邦，就以改变其在暹罗的治外法权作为交换条件，于1909年3月与暹罗签订《曼谷条约》，取得对吉兰丹、丁加奴、吉打和玻璃市的宗主权、行政权和管理权，把这4个邦置于英国的殖民统治之下。英国殖民者于191