克隆人或者克隆人士兵从里面出来，然后通过专门传送通道转移到金字塔基地外的其余地方，整个通道是封闭式的，最终的目的地究竟是哪里暂时未知，不过苏丽能想象得出这些克隆人在到达目的地后会是什么样的情况，无非就是按照各处的需要像普通货物一样发往各地。
第二个部分是培育中级克隆人的，苏丽他们现在才明白自己所模拟的克隆人护卫就是中级克隆人的一员，他们看见和模拟的克隆人护卫，还有克隆人的初级指挥官等等在这里和普通克隆人一样培育出来，培育出来后同样通过前面相同的封闭通道传送到另外的地方去。
而第三个部分，也就是最严密的部分，这里的培育克隆人是那些高级克隆人，比如说他们跟随的那两个高级克隆人就是其一，还有白眉这样的战舰和舰队指挥官。和前两者不同，当这些高级克隆人培育出来后不是再使用封闭通道了，而是被小心安置在特定的区域内，然后再进入一间单独的房间。虽然无法进入房间细看，但通过观察推论，也许这些高级克隆人会在这些房间内单独接受信息输入，以完成最后的一步。
除去克隆人的培育工厂，还有许多其他的区域，这些区域有的是生活区域，有的是休闲区域，还有的是类似科研机构的研究区域。有许