被入侵，本丸御殿的天守阁被直接焚毁——这对于江户幕府来说，应该算是自开幕以来前所未有的巨大丑闻了。
身为“幕府于京都的代表”——京都所司代户田忠宽，自然是背负着毋庸置疑的第一责任。
在尾张藩大名德川宗睦的暗示下，户田十分自觉地把自己紧闭在家，等待幕府之后的处罚。
户田进行自我紧闭，主持京都大局的这一重要任务，自然而然地就落到了神山的头上。
神山接过主持京都目前大局的重任后，在长谷川的从旁协助下，所展开的第一项工作就是——满城追捕“掘墓人”中的漏网之鱼。
3天前的山鉾巡行中，在长谷川等人的指挥下，在山鉾巡行的现场抓了不少的“掘墓人”的成员。
对这些被抓来的“掘墓人”成员一番刑讯逼供后，这些人就立即吐出了他们于京都布置的其余小据点、哪些地方还有他们的成员、以及他们的“毁灭京都”的计划中的另外一些无关紧要的细节内容。
虽说绪方成功将那些潜伏在六大剑馆中的“掘墓人”成员干掉大半，但还有小半人因为士气崩溃的缘故，赶在被绪方干掉之前逃出了二条城。
光是这些漏网之鱼，就足够京都府的众人花上一番功夫去抓了。
因从