同时他屡次上谏请求天子重新视朝。这一次终于惹恼天子，天子下旨严斥杨巍沽名。
杨巍被天子下旨训斥后，也就立即上疏请辞。
一连数疏后，天子倒是真准奏了，让杨巍回家养老。而杨巍走后，新任吏部尚书就由不是申时行一系的原户部尚书宋纁担任。
杨巍辞官后，过了数月，左都御史吴时来也是病故。
吴时来病故前，名声就不好，这要追溯到前年顺天乡试案上，他给申时行的女婿李鸿，王锡爵的儿子王衡开绿灯。所以被言官们批评为依附执政。
杨巍辞官，吴时来病逝，导致申时行的左膀右臂一下没了。
虽说申时行紧急保举李世达出任左都御史，稳住了局面，但是吏部尚书的易位，令申时行对于朝廷上人事的把握，不再那么得心应手。
此事可以看作申时行为相后由盛转衰的开始。
另外宋纁从户部尚书改任吏部尚书后，户部尚书由石星担任。
当初李汝华是在户部尚书，同为归德老乡的宋纁支持下，对两淮盐法进行试改革，初见成效。
但是石星担任户部尚书后，对于朝廷把两淮盐政大权放出去，改有商人操纵极为不满。石星为人极为刚正，为官也是极有