起兵讨伐，董卓被迫迁都长安。
于是荀攸与议郎郑泰、何颙、侍中种辑、越骑校尉伍琼等人谋划说：‘董卓没有道义，比之于古时的商纣夏桀有过之而无不及，天下之人都怨恨他，虽然他有强大的军队，实际上只不过是一个匹夫罢了。如今应当杀了他来告慰百姓，然后占据肴关、函谷关来辅佐皇上号令天下，这是齐桓公和晋文公一样的义举啊。”后来事情眼看就要成功时被发觉了，何颙、荀攸被捕入狱，何颙畏罪自杀，而荀攸谈笑自若举动和寻常一样，恰逢董卓死了，罪名得以免除。
这一年，太祖从宛发兵征讨吕布，大军到达下坯后，吕布败退到城中坚守。太祖久攻不下，因为连续作战将士们都很疲劳，太祖想撤兵回去。荀攸、郭嘉都劝太祖说：“吕布有勇无谋，现在连续三次被我军击败，他的锐气已经衰落。军队中以大将为主心骨，将领一旦精神不振，部队就没有奋战的意志了。陈宫虽然有长谋却没有急略，我军应当趁着吕布锐气还未恢复，陈宫的计谋还没有确定，加紧攻打，吕布必然被我军拿下。”随后，曹军引来沂水、泗水灌城，下坯城被攻破，吕布也被活捉。
后来，荀攸跟随太祖赶赴白马救援刘延，荀攸设下计策斩杀了颜良。曹操常常说：荀攸表面看起来愚笨，