功和刘良佐更是直接上书南京，质问马士英的死因，就是有罪，也该由朝廷来定罪处置，不该私下处决呀。
这一下东林党又都紧张了起来，因为黄得功、刘良佐是和马士英一起拥立朱由崧继位的，因此可以算是马士英一党，而且这两人现在就驻守在南京边上，合计兵力也有十几万，如果他们要为马士英报仇，也学左良玉来个清君侧，立刻就能兵临城下了。
而就在这时，江淮大捷的消息也传到了南京，尽管局势混乱，但这个好消息也使南京全城欢滕，商毅的名望固然是再一次提升，而且在朝中一直支持商毅的吴甡，和在扬州督师的史可法也跟着声望大涨，再加上以前是因为马士英从中作埂，才使史可法远离中枢，现在马士英死了，史可法也自然应该归朝来了，因此朝野上下也都纷纷要求，招史可法回朝。
同时吴甡还说服钱谦益，认为史可法督师江北一年有余，一直是江北四镇的上司，把他调回南京，可以招抚黄得功、刘良佐，同时也应该尽量安抚商毅，如果商毅认可了马士英是奸党，承认南京朝廷对马士英处置，也能震摄任黄、刘两将。钱谦谥也认为吴甡的办法很好，也是目前的唯一可行之计，因此两人联名上书朝廷，要求调史可法回朝，由商毅督师江北。
这时朱由