南京皇宫虽然位于城市的东面，但却是整个城市的核心，也是全南京的精神支柱，就算清军攻入城中，但只要皇宫不失，就表示南京还没有失守，因此城市战也是以皇宫为核心展开。当然还要保住皇帝朱由崧，有他在就可以以皇帝的名议发号施令。
现在玄皇教己经把夕颜安插到朱由崧的身边，还有在皇宫中安排了不少人手，可以说基本控制住了朱由崧，商毅也不打算和他们争皇宫的控制权，因此也把整个皇宫，以及外围的防守任务都交给玄皇教付责。而整个驻守的区域包括南面的正阳门和通济门，和承天门外的全部地方，东边的朝阳门和皇宫西侧的西皇城根大街和通济门大街。保证有足够的出口，在危急的时候能够平安撤出南京城去。